คณะทำงานได้ไปปรึกษาหารือศึกษาข้อมูลต่าง ๆ ที่จังหวัดขอนแก่นในต้นปี ๒๕๓๖ หลังจากการประสานงานหลายครั้งจนลงตัว ในที่สุดก็ได้รับอนุญาตจากสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย (มมร.) ให้เปิดสอนเป็นห้องเรียนของวิทยาเขตอีสาน ที่วัดศรีสุทธาวาส โดยมีวิทยาเขตอีสานกำกับดูแล
เปิดทำการสอนครั้งแรก ยังไม่มีอาคารเรียนได้ใช้สถานที่ศาลาจันทรานุเคราะห์ โดยเปิดเรียนในคณะพุทธศาสนาและปรัชญากับคณะศึกษาศาสตร์อย่างละ ๑ ห้องเรียน จำนวนนักศึกษารุ่นแรกพระภิกษุสามเณร ๘๐ รูป
ในการเปิดสอนครั้งแรกจากความไม่มีอะไร ในความเป็นห้องเรียนของวิทยาเขตในมหาวิทยาลัย แต่คณะทำงานก็มีความมุ่งมั่นฟันผ่าทุกปัญหา โดยได้เงินทุนสำหรับดำเนินการทั้งหมดที่หลวงปู่มอบให้เป็นจำนวนกว่าล้านบาท อุปกรณ์การศึกษาทุกอย่าง โต๊ะเก้าอี้ พิมพ์ดีด คอมพิวเตอร์ ตู้เอกสาร ได้จัดหากันอย่างเต็มที่เท่าที่จะหาได้ คณะครูอาจารย์ผู้บรรยายรายวิชาต่างๆ ก็ได้อาศัยมหาวิทยาลัยราชภัฏเลยและอาจารย์พิเศษจากที่อื่น การดำเนินงานถึงจะทำด้วยลักษณะยากเย็นแสนเข็ญ แต่ก็เป็นไปด้วยดีในปีที่สองต่อมา ก็มีนักศึกษาเพิ่มขึ้นตามลำดับ
ในที่สุดเมื่อดำเนินมาได้ครบสองปี มีการประเมินผลงานจากสภามหาวิทยาลัยและคณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ จึงประกาศผลการประเมินผ่านในทุกด้าน หลังจากที่คณะกรรมการได้มาตรวจสอบดูความพร้อมหลาย ๆ ครั้ง ในระยะสองปีมีมติเห็นชอบในการจัดตั้งเป็นวิทยาเขตและนำเสนอส่วนกลางเพื่อพิจารณาต่อไป ในการประชุมครั้งสุดท้ายที่กระทรวงศึกษาธิการ หลังจากคณะทำงานได้ชี้แจงข้อมูลต่าง ๆ โดยละเอียดพร้อมเสนอเอกสารหลักฐานพร้อมทุกอย่าง ที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้จัดตั้งเป็นวิทยาเขตได้ และเรื่องสุดท้ายที่เสนอเพื่อลงมติกันก็คือ จะตั้งชื่อวิทยาเขตแห่งนี้ว่าอย่างไร
คณะทำงานได้เสนอชื่อวิทยาเขตต่อที่ประชุม ๓ ชื่อ คือ “วิทยาเขตเลย วิทยาเขตศรีสองรัก และวิทยาเขตศรีล้านช้าง” พร้อมกับอธิบายข้อมูลส่วนประกอบต่าง ๆ เพื่อพิจารณา
ในที่สุดที่ประชุมได้เลือกชื่อวิทยาเขตศรีล้านช้าง ส่วนชื่ออีกสองชื่อนั้นก็มีเสียงสนับสนุนบ้างแต่ไม่มาก เสียงสนับสนุนชื่อวิทยาเขตศรีล้านช้าง โดยมีที่มาของคำว่า “ศรีล้านช้าง” นามวิทยาเขต
คำว่า ศรี มาจากคำว่า สิริ หรือ สิรี มีความหมายถึง มิ่ง ขวัญ ความสง่า แสง ความสุกใส ความเปล่งปลั่ง ความงาม ความดี ความน่ารัก ความเจริญ ความรํ่ารวย ลาภ ความสำเร็จ มงคล ความเป็นใหญ่ และมาจากสิ่งที่เป็นมงคลตามสถานที่ตั้งของวิทยาเขต ดังนี้
ศรี ความหมายที่ ๑ มาจากนามที่ตั้งของวิทยาเขต ได้แก่ วัดศรีสุทธาวาส เป็นพระอารามคู่บ้านคู่เมือง และเป็นพระอารามหลวงแห่งแรกของชาวไทเลย
ศรี ความหมายที่ ๒ มาจากนามหลวงปู่ศรีจันทร์ วัณณาโภ (พระธรรมวราลังการ) ผู้ก่อตั้งวิทยาเขต และผู้อุปถัมภ์วิทยาเขตแห่งนี้มาตั้งแต่เริ่ม
ศรี ความหมายที่ ๓ มาจากนามพระธาตุศรีสองรัก เป็นพระธาตุที่เก่าแก่คู่บ้านคู่เมืองทั้งชาวไทยและชาวลาว มาตั้งแต่ยุคต้นของอาณาจักรล้านช้าง
คำว่า ล้านช้าง มาจากชื่ออาณาจักรล้านช้าง ซึ่งพัฒนาการจากคำว่า สัตนาคนหุต มาจาก สต แปลว่า ร้อย นหุต แปลว่า หมื่น นาค แปลว่า ช้าง รวมแปลว่า ช้างร้อยหมื่น คือ ล้านช้าง พญาฟ้างุ้มสถาปนาอาณาจักรล้านช้างขึ้น เมื่อปี พ.ศ.๑๘๙๖ เริ่มประวัติเป็นตำนานราวพุทธศตวรรษที่ ๑๔ จนกระทั่งถึงการรวบรวมบ้านเมืองประกาศตั้งอาณาจักร เค้าโครงเรื่องเริ่มจากขุนบรมราชาธิราช บรรพกษัตริย์ไทย – ลาว บ้านเมืองได้ถูกพัฒนามาเป็นประเทศ แผ่นดินส่วนหนึ่งเป็นประเทศลาว และอีกส่วนหนึ่งเป็นประเทศไทย รวมถึงเขตที่ตั้งของวิทยาเขตศรีล้านช้าง จังหวัดเลยด้วย แต่ก่อนแผ่นดินดังกล่าวนี้ก็เป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรล้านช้าง
วิทยาเขตศรีล้านช้างจึงเกิดขึ้น เป็นวิทยาเขตแห่งที่ ๗ วิทยาเขตแห่งล่าสุดของมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ตั้งอยู่ที่วัดศรีสุทธาวาส อำเภอเมืองเลย จังหวัดเลย เมื่อวันที่ ๒๘ มีนาคม ๒๕๓๘ มีพระราชสุเมธี เจ้าคณะจังหวัดเลย เป็นรองอธิการบดี ประจำวิทยาเขตรูปแรก
เมื่อได้รับอนุมัติให้จัดตั้งเป็นวิทยาเขตอย่างสมบูรณ์ คณะทำงานก็ทุ่มเทความรับผิดชอบในการทำงานอย่างเต็มที่ ถึงแม้ว่ายังไม่มีอาคารเรียนเป็นของตัวเองยังใช้อาคารศาลาจันทรานุเคราะห์ และสำนักงานวัดศรีสุทธาวาส เป็นสถานที่ประกอบการ คณะทำงานก็มีขวัญและกำลังใจดีมาก จึงทำงานกันอย่างเต็มที่เพื่อพัฒนาวิทยาเขตให้เจริญในทุก ๆ ด้าน และได้จัดทำโครงการสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ของวิทยาเขตในพื้นที่ส่วนท้ายของวัด ซึ่งหลวงปู่ได้มอบให้เป็นเขตจัดการศึกษา
คณะทำงานได้ไปกราบถวายรายงานต่อหลวงปู่ศรีจันทร์ ถึงความสำเร็จในการจัดตั้งวิทยาเขต หลวงปู่ยังอาพาธพักรักษาตัวอยู่ที่โรงพยาบาลแพทย์ปัญญากรุงเทพมหานคร แต่อาการของหลวงปู่ก็ดีขึ้นมาก นั่งบนเก้าอี้ได้และได้สนทนาซักถามด้วยความยินดี พร้อมกับให้คำแนะนำเมื่อเป็นวิทยาเขตแล้วก็ขอให้พากันทำงานให้เต็มที่เพื่อพัฒนาการศึกษาในท้องถิ่น ในด้านบุคลากรทางการศึกษาคือครูอาจารย์ผู้สอน หลวงปู่บอกว่านอกจากอาจารย์ผู้ทรงคุณวุฒิในท้องถิ่นจังหวัดเลยแล้ว ควรแสวงหาครูอาจารย์ผู้ทรงคุณวุฒิจากที่อื่น ๆ ด้วย และเพื่อความมั่นคงของการบริหารงานในเบื้องต้น ควรไปหาศิษย์เก่าของวัดเลยหลงที่เข้ามาศึกษาในกรุงเทพมหานคร ให้กลับไปช่วยพัฒนาการศึกษาที่จังหวัดเลยของเรา
นอกจากนี้หลวงปู่ยังได้บอกกับพระมหากิติพงษ์ อคฺควํโส วัดเทพศิรินทราวาส ที่จบการศึกษาระดับปริญญาโทจากประเทศอินเดีย ในคราวที่พระมหากิติพงษ์ ไปเยี่ยมอาพาธหลวงปู่ที่โรงพยาบาลว่าขอให้ไปช่วยสอนหนังสือที่เมืองเลย และมอบหมายให้พระมหาตาล คุณุตฺตโรไปติดต่อทาบทามอีกส่วนหนึ่งด้วย การทำงานในเบื้องต้นของการก่อร่างสร้างตัว จึงได้พระมหากิติพงษ์ อคฺควํโส และพระมหาสมนึก จินฺตาสิทฺโธ (ปัจจุบัน ผศ.ดร.ชิษณพงศ์ ศรจันทร์) ไปร่วมงานในตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์บริการวิชาการ และผู้อำนวยการวิทยาลัยศาสนศาสตร์ บริหารงานของวิทยาเขตในระยะเริ่มต้นให้ดำเนินไปด้วยดีอย่างมีประสิทธิภาพเพราะท่านพระมหาทั้งสองรูปยังอยู่ประจำที่วัดเทพศิรินทราวาส ต้องเดินทางไปกลับสัปดาห์ละ ๓ – ๔ วัน ด้วยรถประจำทางปรับอากาศสายเลย – กรุงเทพฯ การเดินทางใน ๑ กิโลเมตรแรกจนถึงล้านกิโลเมตร จึงดำเนินไปพร้อมกับความเจริญก้าวหน้าของวิทยาเขต เพราะทำงานอย่างทุ่มเทของคณะทำงานชุดแรก
ในขณะกิจการของวิทยาเขตศรีล้านช้างกำลังดำเนินไปด้วยดี ก็มีข่าวดีเกิดขึ้น คือ รัฐบาลในสมัยพลเอกชวลิต ยงใจยุทธเป็นนายกรัฐมนตรีได้ออกพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์สองแห่งคือ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย (มมร) และมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย (มจร.) ให้เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ จัดการศึกษาแก่พระภิกษุสามเณรและบุคคลทั่วไป พร้อมกับมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐอีกรวม ๖ แห่งในปี ๒๕๔๐
และในปีเดียวกัน มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย วิทยาเขตศรีล้านช้าง ก็ได้สร้างอาคารเรียนเสร็จเรียบร้อย เป็นอาคาร ๓ ชั้น ๒๔ ห้องเรียน มีชื่อว่า “อาคาร ๙๐ ปีหลวงปู่ศรีจันทร์” จึงเป็นอาคาร ๑ ของ มมร. วิทยาเขตศรีล้านช้าง มาจนถึงปัจจุบัน